Mit dem Emporkommen des Christentums, hat ein über Jahrhunderte währender Kampf der Priester gegen die Schamanen begonnen, der bis zum heutigen Tage andauert. Die Kirchenväter verwiesen die alten heidnischen Schamanengötter in das Reich der Dämonen. Den ersten Hexen der christlichen Ära wurde nach den Protokollen des Konzils von Trier vorgeworfen, dass sie sich in Kröten verwandelt hätten. Heinrich Kramer veröffentlichte 1484 das berüchtigte Malleus Maleficarum, den Hexenhammer; ein bizarres Werk, das genaue Anleitungen enthält wie Hexen und Zauberer, unsere Schamanen der Neuzeit, zu identifizieren, unter Folter zu verhören und hinzurichten sind. Papst Innozenz VIII erließ am 3.12.1485 die Hexenbulle Summis Desiderantes, die vom Dominikaner Heinrich Institoris (Kramer) verfasst und von den Inquisitoren erbarmungslos vollzogen wurde. Bei der europäischen Hexenverfolgung (1450-1750) handelte es sich in erster Linie um ein Hysterie-Phänomen bezüglich Schamanismus, Zauberei und Hexerei. Der Kampf der Kirche gegen die Schamanen erreichte mit den Hexenverbrennungen zwischen 1550-1650 seinen Höhepunkt.

Insgesamt soll etwa drei Millionen Menschen der Prozess gemacht worden sein, etwa jeder Fünfzigste wurde hingerichtet. Obgleich Frauen die Mehrheit der Verfolgten bildeten, gab es Abweichungen in Regionen, wo das Bild des Zauberers traditionell männlich besetzt war. In Island waren beispielsweise 80 % der verfolgten Hexen und Schamanen Männer. Die letzte überlieferte Hinrichtung einer Hexe in Mitteleuropa fand 1793 im Großherzogtum Posen statt. Aus Wien ist nur eine Hexen-Hinrichtung bekannt. Else Plainacher aus der Stadt Mank in Niederösterreich, verbrannte 1583 auf dem Scheiterhaufen, weil ihr Kind epileptische Anfälle hatte und diese als Teufelsbesessenheit interpretiert wurden. Ebenfalls in Österreich, in Gmünd, Kärnten, wurde 1653 der Schamane und Wettermacher von Matzelsdorf wegen Wettermacherei hingerichtet.